A Câmara Setorial de Arqueologia é responsável por todo acervo arqueológico do Museu do Vale do Arinos. Este acervo inclui os artefatos líticos e cerâmicos da reserva técnica museológica e os sítios arqueológicos, abrigos de pinturas rupestres e petroglifos registrados no Vale do Arinos. A Câmara Setorial de Arqueologia é responsável por desenvolver ações de identificação, registro, resgate, guarda, estudo e divulgação científica de todo patrimônio arqueológico do Vale do Arinos. É constituída por equipe multidisciplinar e tem coordenador (a) próprio que decide sobre seu planejamento anual. Todos os documentos produzidos a partir da arqueologia regional por meio do Museu do Vale do Arinos ficam sob responsabilidade da Câmara Setorial de Arqueologia.